SitemapImpressumDatenschutzerklärungdeutschenglish
MHH Logo

Ausstattung

Illumina NextSeq 550

Dezentrale Sequencer

Derzeit existiert an der MHH noch kein großer leistungsstarker Sequencer, der bei hohen Probenzahlen für Applikationen wie „Whole Genome Sequencing“, „Exome Sequencing“ und „RNA Sequencing“ in Modellsystemen aus Säugerorganismen in der notwendigen Durchsatzrate geeignet wäre.

Derzeit befindet sich ein Großgeräteantrag zur Anschaffung eines leistungsstarken Sequencers zur finalen Begutachtung bei der DFG. Ist dieser Antrag erfolgreich, so soll das Gerät in enger Zusammenarbeit der RCUG mit dem Institut für Humangenetik gemeinsam betrieben werden.

Für alle NGS-Projekte, die auch auf „kleineren“ Geräten umsetzbar sind, also beispielsweise Amplicon Sequencing, Targeted Resequencing, Sequenzierung kleiner Genome/Transcriptome (z.B. Bakterien, Viren), Sequenzierung von Säugertranskriptomen bei kleiner bis mittlerer Studiengröße, können Projektvorhaben über sogenannte „Dezentrale Sequencer“ realisiert werden. Hiermit sind Geräte gemeint, die von einzelnen Arbeitsgruppen oder Instituten der MHH angeschafft und betrieben werden, die aber in einem gewissen Ausmaß freie Kapazitäten aufweisen und somit über die RCUG zur Mitnutzung „vermittelt“ werden können.

Mit den jeweils verantwortlichen Gerätebetreibern ist fest vereinbart worden, dass eine mögliche (Mit-)Nutzung ihrer Geräte in jedem Einzelfall über die RCUG vermittelt werden soll.

Wir bitten Sie daher immer den offiziellen Weg über unser Projektanfrageformular zu wählen.

 

(für eine höhere Auflösung bitte das Bild anklicken!)

Nanodrop ND-1000 Spektralphotometer

Mit dem Nanodrop können Nukleinsäuren innerhalb eines Konzentrationsbereiches von ~ 10-3000 ng/µl in einem Volumen von 1-2 µl unverdünnt quantifiziert werden. Durch eine Absorptionsmessung bei 550nm und 650nm kann außerdem die Einbaueffizienz der verwendeten Fluoreszenzfarbstoffe (Cy3 und Cy5) in der amplifizierten cRNA bestimmt werden.

Agilent 2100 Bioanalyzer

Mit dem Bioanalyzer wird die Qualität/Integrität der Gesamt-RNA bestimmt. Zusätzlich kann das Fragmentlängenprofil der amplifizierten cRNA-Proben analysiert werden. Ein weiteres wichtiges Anwendungsgebiet ist die Qualitätskontrolle diverser Bibliotheken (Fragmentlängenprofil) für NGS-basierte Applikationen. In der RCU Genomics werden 2 Bioanalyzer betrieben, einer im Transcriptomics- und einer im Genomics-Bereich.

Agilent Hybridisierungsofen

Im Hybridisierungsofen werden über Nacht die zu analysierenden cRNA-Populationen auf den verwendeten Microarrays hybridisiert. Insgesamt können maximal 48 Slides parallel hybridisiert werden.

Agilent Microarray Scanner G2565CA

Das Microarray-Labor ist mit einem G2565CA Scanner mit einem maximalen Auflösungsvermögen von 2 µm ausgestattet. Dieser Scanner erlaubt eine automatisierte Hochdurchsatzprozessierung von bis zu 48 Glasträger-basierten Microarray-Slides, die jeweils bis zu 1 Million Sonden enthalten können.

ABI 7500 FAST Real-Time PCR

Der Real-Time PCR Cycler ermöglicht es uns, bestimmte Aspekte erhobener Microarray-Daten zu verifizieren, bzw. zu einer „punktuellen Vertiefung“ des Informationsgehaltes beizutragen. Wir arbeiten routinemäßig mit TaqMan-basierten Assays der Firma Applied Biosystems zur Quantifizierung einzelner Transkripte oder spezifischer Splice-Varianten.

Covaris 220

Im Covaris 220 werden Nucleinsäuren durch Ultraschall in Fragmente definierter Länge (150bp - 1000 bp) geschert. Dies erfolgt sequenzunabhängig und ist eine Voraussetzung für die gleichmäßige Abdeckung der Zielsequenzen in NGS Projekten (z.B. Whome Genome, Exom, Amplicon, Metagenom, ChIP). Ebenfalls kann das Gerät zum quantitativen Aufschluss von Probenmaterial (z.B. für Metagenomik) verwendet werden.

Qubit 2.0

Das Qubit- Fluorimeter ermöglicht die selektive, quantitative Bestimmung einzelner Nukleinsäurespezies (dsDNA, ssDNA, RNA). Im Gegensatz zum Nanodrop, das die Gesamtmenge der Nukleinsäuren einer Probe misst, wird hier durch spezifische, interkalierende Farbstoffe sichergestellt, dass nur die jeweils untersuchte Nukleinsäurespezies fluoresziert (die Signalstärken der anderen Spezies sind bis zu 1000x geringer). Der Quotient der gemessenen Konzentrationen von Qubit und Nanodrop ist ein Maß für die Reinheit und Integrität der Nucleinsäuren in einer Probe.

SpeedVac

Oft liegt das Probenmaterial nach Aufreinigungen in sehr geringen Konzentrationen vor (z.B. nach ChIP-Anreicherungen, small RNA). In einem Vakuumkonzentrator können Volumina ohne starke Erwärmung in kurzer Zeit schonend reduziert werden, so dass auch dieses Material aufgearbeitet werden kann.

Software

Unsere kommerzielle Softwareausstattung umfasst derzeit:

 

Um unsere Analyse-Möglichkeiten zu optimieren entwickeln wir auch eigene Tools unter Verwendung von: