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Zentrales Projekt Z02: Kracht


DFGSFB 566
Zytokin-Rezeptoren und Zytokin-abhängige Signalwege
als therapeutische Zielstrukturen

Thema:

Identifizierung von differenziell regulierten Genen mittels DNA Microarrays

Fachgebiet und Arbeitsrichtung:

Molekularbiologie, Statistik, Bioinformatik

Homepage und Datenbank:

Die Homepage und CytoBASE sind ab Mai 2008 an der Justus-Liebig-Universität in Gießen zu erreichen.

 

 

 

 

Leiter:

Prof.Dr.med.Michael Kracht
  

Dienstanschrift:

Rudolf-Buchheim-Institut f. Pharmakologie

Justus-Liebig-Universität Giessen

Schubertstraße 81

35392 Giessen

Telefon:

+49 641 99 47601

Telefax:

+49 641 99 47619

Email:

michael.krachtpharma.med.uni-giessen.de

 

 

Zusammenfassung

Ausgehend von den spezifischen Möglichkeiten des SFB 566 und seiner thematischen Orientierung wurde in den letzten zwei Förderperioden aus einer biologischen Fragestellung heraus ein themenorientierter 155 Sonden umfassender DNA Mikroarray für entzündungsrelevante Gene aus Mensch und Maus entworfen, hergestellt und in über 1800 Experimenten mit RNA Proben der SFB Projekte sorgfältig evaluiert. Damit einhergehend wurde eine DNA Mikroarray Einheit neu geschaffen, die für die SFB Projekte routinemäßig Mikroarray Projekte durchführt, auf vielfältige Art und Weise auswertet, visualisiert und eine projektspezifische Beratung anbietet. Die erarbeitete Expertise ermöglicht mittlerweile auch die flexible Anwendung von unterschiedlichsten hochdichten DNA Oligonukleotid Mikroarrays mit derselben cDNA Markierungsstrategie und auf derselben Geräteplattform. In der letzten Antragsperiode wurde mit den anhand des „Entzündungsarrays“ erhaltenen Ergebnissen eine Datenbank („CytoBASE“ genannt) für die Expression von Entzündungsgenen aufgebaut und erste bioinformatische Analysen über große Teile des Gesamtdatensatzes begonnen. In der nächsten Antragsperiode sollen drei Teilziele verfolgt werden: (i) Weiterhin Durchführung kompletter Mikroarray Studien für die Teilprojekte im bisherigen Umfang (400 Mikroarrays/Jahr), (ii) Weiterentwicklung von CytoBASE und zusätzliche bioinformatische (Meta-)Analysen des Gesamtdatensatzes zur Rekonstruktion von Signaltransduktions- und Genregulationsnetzwerken, (iii) Etablierung weiterer Mikroarrayplattformen (z.B. für ChIP-Chip Analysen).

Mit dem Z02-Projekt stehen den SFB Projekten vielfältige Möglichkeiten zur Verfügung, die DNA Mikroarraytechnologie für die theoretische und klinische Forschung zu nutzen.