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Multi-Gen-Panel (NGS)

 

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Multi-Gen-Panel (NGS)
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Hintergrund
 
Next Generation Sequencing (NGS)
ist eine Bezeichnung für eine molekulargenetische Untersuchungsmethode, die Hochdurchsatzsequenzierung. Mit dieser Technologie können Tausende bis Millionen DNA-Fragmente parallel analysiert werden. NGS wird einerseits für Genom- und Exom-Sequenzierungen, aber auch (wie am Institut für Humangenetik der MHH) für die Multi-Gen-Panel-Diagnostik genutzt. Bei der Multi-Gen-Panel-Diagnostik erfolgt die gleichzeitige Untersuchung mehrerer für die jeweilige Erkrankung relevanter Gene. Dieses Verfahren eignet sich besonders für genetisch heterogene Erkrankungen, bei denen Mutationen in verschiedenen Genen ursächlich sein können. Die Anwendung des NGS ermöglicht hierbei eine schnellere und kostengünstigere Untersuchung als die bisherige Praxis der schrittweisen Einzelgenanalysen mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung.
 
Vor der Durchführung einer NGS-Paneldiagnostik muss in der Regel eine Kostenübernahmeerklärung des Kostenträgers eingeholt werden.
Zur Zeit bieten wir ein Marfan/TAAD-Panel und ein HCM-Panel an.
 
 

Klinische Diagnostik
 
Marfan/TAAD-Panel
 

Aneurysmen und Dissektionen, die die thorakale Aorta (TAAD) betreffen, können isoliert auftreten oder Bestandteil einer syndromalen Erkrankung, wie z.B. des Marfan-, vaskulären Ehlers-Danlos- oder auch des Loeys-Dietz-Syndroms sein.
 
Weil die Syndrome untereinander erhebliche Überschneidungen aufweisen und nicht immer das Vollbild der Störung besteht, ist eine korrekte klinische Diagnosestellung oft nur mittels einer genetischen Untersuchung zu sichern.
 
Ist der Verdacht auf ein bestimmtes Syndrom eindeutig, empfehlen wir eine gezielte Untersuchung des entsprechenden Gens bzw. der entsprechenden Gene (z.B. bei V. a. ein Marfan-Syndrom Untersuchung des FBN1-Gens oder bei V. a. ein Loeys-Dietz-Syndrom Typ1 oder 2 Untersuchung der Gene TGFBR1 und TGFBR2).
 
Besteht kein eindeutiger Syndromverdacht, ist die Untersuchung mittels Next Generation Sequencing (NGS) vorzuziehen.
 
 

Hypertrophe Kardiomyopathie (HCM) -Panel
 

Die HCM ist eine sehr heterogene Erkrankung. In mehr als 24 Genen wurden bisher Mutationen nachgewiesen, die zu einer HCM führen. Allerdings gibt es Gene, in denen Mutationen nur sehr selten gefunden werden. Etwa 56% der Mutationen finden sich in den Genen MYBPC3, MYH7, TNNI3, TNNT2 und TPM1. Mutationen in den Genen ACTC1, MYL2, MYL3 und TNNC1 finden sich bei < 1% der Patienten. Bei ca. 3 - 5% der HCM-Patienten werden mehrere pathogene Mutationen in verschiedenen Genen gleichzeitig nachgewiesen. Daher sollte die Diagnostik nicht beendet werden, wenn in einem Gen eine Mutation nachgewiesen wurde. Aus diesem Grund ist bei V. a. eine HCM eine Untersuchung mittels Next Generation Sequencing der Untersuchung mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung vorzuziehen.

 

 

Methodik
 
Marfan/TAAD-Panel
   
Das von uns angebotene Marfan/TAAD-Panel enthält zurzeit folgende Gene:
 
ACTA2, COL3A1, FBN1, MYH11, MYLK, NOTCH1, SLC2A10, SMAD3, TGFB2, TGFBR1 und TGFBR2.
 
Bei einem negativen NGS-Ergebnis wird im Anschluss eine MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification)-Analyse der Gene COL3A1, FBN1, TGFBR1 und TGFBR2 durchgeführt. Durch diese Methode lassen sich größere genomische Deletionen bzw. Duplikationen im betreffenden Gen nachweisen, die über die Methode der Direktsequenzierung nicht nachweisbar sind. 
 
 

HCM-Panel
 
Das von uns angebotene HCM-Panel ist unterteilt in sogenannte Haupt-Gene und Zusatz-Gene. Bei den Haupt-Genen handelt es sich um die Gene, in denen am häufigsten Mutationen nachgewiesen wurden. Exons oder einzelne Basen, die mit dem NGS in diesen Genen nicht analysiert werden konnten, werden mittels Sanger-Sequenzierung untersucht, so dass Haupt-Gene immer komplett analysiert werden. Folgende Haupt-Gene werden untersucht: ACTC1, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1.
 
Bei den Zusatz-Genen handelt es sich um Gene, in denen nur selten Mutationen gefunden wurden. Exons oder Basen, die nicht mittels NGS analysierbar sind, werden nicht mittels Sanger-Sequenzierung untersucht. Das bedeutet, dass Zusatz-Gene nicht komplett sequenziert werden. Mögliche pathogene Sequenzveränderungen in den Zusatz-Genen werden jedoch mittels Sanger-Sequenzierung bestätigt. Folgende Zusatz-Gene werden untersucht: ACTN2, CAV3, CSRP3, GLA, JPH2, LAMP2, LDB3, MYH6, MYLK2, MYOZ2, PLN, PRKAG2, TCAP, TTR, VCL
 
Im Anschluss an das Next Generation Sequencing wird eine MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification)-Analyse der Gene MYBPC3, MYH7 und TNNT2 durchgeführt. Durch diese Methode lassen sich größere genomische Deletionen bzw. Duplikationen im betreffenden Gen nachweisen, die über die Methode der Direktsequenzierung nicht nachweisbar sind.

 

 

Material und Versand
  
5 bis 10 ml EDTA-Blut, ungekühlter postalischer Versand in bruchsicherer Verpackung. Im Einzelfall (z. B. bei Neugeborenen) kann die Diagnostik auch aus 1 - 2 ml EDTA-Blut erfolgen. Nach telefonischer Rücksprache mit der Laborleitung (0511 532 8719) ist gegebenenfalls auch die Untersuchung aus anderen Geweben (nicht Mundschleimhautabstriche) möglich.
 
Vor der Durchführung einer NGS-Paneldiagnostik muss in der Regel eine Kostenübernahmeerklärung des Kostenträgers eingeholt werden.
 
 Weitere Informationen sowie das Anforderungsformular finden Sie hier.

 „Auftrag zur molekulargenetischen Diagnostik“ (Zum Auftragsformular)

 

 

 Dauer
 
  
 ca. 4 - 12 Wochen

 

 

Ansprechpartner 
 

Dr. med. Bernd Auber
Oberarzt
  
  
  +49 (0)511 532-8719
  +49 (0)511 532-5865  
 
  auber.berndmh-hannover.de