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Microarray-basierte Transcriptomanalyse

 

 

Alles begann 2001 mit dem SFB 566-Antrag für ein Microarray Lab rund um Themenbereiche der Entzündungsforschung. Im Kontext des SFB566 wurde ein kleiner themenspezifischer Microarray entwickelt, mit dem sich verschiedene entzündliche Transkripte quantitativ erfassen ließen.

 

Im Januar 2012 startete dann die Research Core Unit Transcriptomics (RCUT) ihre Arbeit als Service-Unit der MHH. Die Einheit besteht aus dem Leiter Dr. Oliver Dittrich-Breiholz, Heike Schneider (TA) und Torsten Glomb (Bioinformatiker).

 

Es war eine hervorragende Präsentation über die vielfältigen Analysenmöglichkeiten mit Microarrays, die zu dem sehr gut besucht war (was durch den bis auf den letzten Platz gefüllten Seminarraum der Physiologischen Chemie betätigt wurde).

 

Der Agilent Bioanalyser erlaubt eine zuverlässige Qualitätskontrolle der eingereichten Ausgangs-RNA-Proben.

 

Innerhalb einer Microarray-Analyse wird immer vergleichend das mRNA-Expressionsniveau zweier Bedingungen verglichen. Dies können beispielsweise Zustandspaare wie infiziert-uninfiziert, erkrankt-gesund oder im Falle von Mäusen knockout-wildtyp sein. Letztlich wird ermittelt, welche Gene im Vergleich der beiden Zustände hoch, herunter oder gleich reguliert sind.

 

Desweiteren erfahren wir, dass die quantitative RNA-Bestimmung und Reinheitskontrolle gt mit Hilfe eines Nanodrop bestimmt wird und dass Phenol die Analyse stört!

 

Nach Qualitätskontrolle der RNA wird eine Reverse Transkriptionsreaktion durchgeführt. Vom erzeugten cDNA-Doppelstrang wird später durch T7 Amplifikation eine fluoreszenzmarkierte cRNA-Population synthetisiert. Anschließend erfolgt die Hybridisierung dieser Population gegen sequenz-spezifische Oligonukleotid-Sonden auf einen Glasträger (dem eigentlichen Microarray).

 

Nach mehreren Waschschritten erfolgt das Scanning und zum Schluss die Rohdatenextraktion und die weiterführende Datenprozessierung.

 

Die Auswertung wird unter anderem mit Hilfe eines in der Core-Unit entwickelten Excel-Analysemoduls durchgeführt.

 

Ausblicke für 2013 und 2014 sind u. a. die Implementierung von Deep-Sequencing-Applikationen und Transcriptomics-Datenbanken sowie die Vergabe von buchbaren Accounts für verschiedene Auswerteprogramme für Anwender. Der Bedarf an Komplett-Genom-Arrays steigt stetig an!

 

Autor: K. Heidrich, 06.2013 

Weitere Infos zu der Dienstleistung und dem Thema findet man hier:

http://www.mh-hannover.de/24129.html


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